Il Borgo di Taranto venne realizzato con un piano regolatore generale alla fine del XIX secolo, in concomitanza con l'installazione dell'Arsenale militare. Mentre venivano alla luce le testimonianze dell'antichità, l'abitato moderno si sovrapponeva alla polis greca, al municipium romano ed alle necropoli relative.

La città greca aveva, caso unico, una singolare commistione fra abitato e necropoli. La particolare situazione topografica del territorio spiega questa anomalia: la città in espansione verso oriente (poiché aveva il mare sui restanti tre lati) inglobava la contigua necropoli. Ai margini orientali della città vi era il quartiere artigiano, dove sono state individuate e scavate numerose fornaci. Il rinvenimento di stipi votive ci rivela la ricchezza dei santuari urbani.

La città romana si sovrappose grosso modo alla polis, con un nuovo nucleo presso la rada Santa Lucia. Tracce molto evidenti ne sono state recuperate, anche recentemente e riguardano soprattutto le domus con mosaici. Particolare rilevanza assumono i rinvenimenti nell'area della Villa Peripato, consistenti in alcune tombe di VI e V secolo a.C. e nei resti di una domus di età imperiale romana con mosaico pavimentale. Tutta l'area compresa fra piazza Roma, via Pitagora, via Mignogna e la costa di Mar Piccolo ha restituito testimonianze antiche in grande abbondanza; nell'area della villa gran parte del deposito archeologico non è stato toccato dai lavori edilizi del Borgo, e risulta perciò essere un campione di area urbana antica quanto mai importante. Le necropoli romane occupavano tutta l'area ad oriente della città, a partire dalla rada di Santa Lucia, sul Mar Piccolo, sino all'Ospedale Civile SS. Annunziata. Nel secolo scorso negli scavi dell'Arsenale militare venne individuato un muro che divideva nettamente la città romana dei vivi da quella dei morti.

In età augustea il municipium venne arricchito di monumenti, fra i quali l'anfiteatro, un complesso monumentale dedicato alla famiglia Giulio-Claudia e l'acquedotto delle aquae nimphalis che da Saturo giungeva sino alle Terme Pentascinenses, un grande complesso termale con ginnasio situato nell'area compresa tra via Anfiteatro, via Principe Amedeo, via Duca di Genova e Regina Elena: oggi lo definiremmo un Beauty Center.

Al Museo Nazionale è visibile un'iscrizione che ricorda il restauro avvenuto nel IV secolo d.C. a cura di un privato, Furio Quintilio Togio. La presenza di un centro termale ancora in età così tarda è un indizio della qualità ancora buona della vita urbana di Taranto. Appartenenti alla stessa epoca, nell'attuale piazza del Carmine, vennero ritrovate le iscrizioni funerarie della comunità ebraica (IV-IX sec. d.C). Nel 494/495 una lettera di papa Gelasio I ci informa dell'esistenza della Cattedrale cristiana e dell'annesso Battistero, che dovevano anch'esse situarsi nell'area del Borgo prospiciente Mar Piccolo: la leggenda medievale, infatti, colloca in quel sito le vicende miracolose della venuta di S. Pietro e S. Marco a Taranto. Se non è stata distrutta, cosa probabile, si potrebbe ancora sperare di trovare la Cattedrale fra la Villa Peripato e l'Ospedale militare. Ancora non visibile, ma di grande importanza storica, è l'ex convento di Sant'Antonio, ad est della Villa Peripato, costruito sui resti di una chiesa quattrocentesca, edificata su iniziativa del principe di Taranto, Raimondello del Balzo Orsini, utilizzando le colonne e forse parte delle strutture di un preesistente edificio di età romana.